Fünf Jahre ist es her, dass Benjamin Tennyson im Wald das Omnitrix gefunden hat, mit dessen Hilfe er sich in zehn verschiedene Aliens verwandeln kann. Ben ist inzwischen zu einem selbstbewussten Teenager herangewachsen und hat das Omnitrix abgenommen. Doch als sein Großvater verschwindet, holt Ben seine Vergangenheit ein, und er muss das Böse ein weiteres Mal bekämpfen...