Als junge Mutanten sind Charles Xavier (James McAvoy) und Erik Lehnsherr (Michael Fassbender) enge Freunde und beginnen damit, Menschen mit Superkräften um sich zu sammeln. Bereits ihre erste Mission erfordert übermennschliche Fähigkeiten: Sie müssen die Welt vor dem nuklearen Untergang retten! Doch bald spalten sich die Mutanten in zwei feindliche Lager...