Seit Anbeginn der Menschheit wurde er als Gott verehrt: Apocalypse (Oscar Isaac), der erste und mächtigste Mutant. Nach tausenden von Jahren erwacht dieser aus seinem Schlaf und findet eine Welt vor, die von Menschen beherrscht wird. Um die Welt von der Menschheit zu befreien und nach seinen Vorstellungen zu formen, versammelt er eine Gruppe von Mutanten - unter ihnen auch der entmutigte Magneto (Michael Fassbender). Dieser Bedrohung stellt sich Professor X (James McAvoy) entgegen, der die jungen X-Men mit der Hilfe von Mystique (Jennifer Lawrence) und Jean Grey (Sophie Turner) in den ultimativen Kampf gegen ihren größten Feind führt - einen Kampf, der über das Schicksal der Menschheit entscheiden wird.