Michael Jennings (Ben Affleck) ist ein brillanter Computerexperte und der Mann für Top-Secret-Projekte. Um Betriebsgeheimnisse zu schützen, gehört es zur üblichen Routine, seine Erinnerung zu löschen, wenn er einen Auftrag erfüllt hat. Seinen letzten Job hat Jennings in den vergangenen drei Jahren für einen alten Freund (Aaron Eckhart) erledigt und ist nun schockiert, als er herausfindet, dass er anscheinend auf den 90-Millionen-Dollar-Gehaltsscheck verzichtet hat.
Jenningsa sieht keine Chance, seine Ansprüche geltend zu machen - bis er einen geheimnisvollen Umschlag mit Hinweisen auf seine gelöschte Vergangenheit erhält. Mit Hilfe einer atttraktiven Wissenschaftlering (Uma Thurman), in die er vor der Löschung seiner Erinnerung verliebt war, versucht Jennings, das Puzzle aus seiner Vergangenheit zu lösen... während in seiner Zukunft eine erschreckende Entdeckung auf ihn wartet.