Connor MacLeod (Christopher Lambert) - der kampferprobte Highlander - ist nicht seiner Bestimmung gefolgt und auf den Planeten Zeist zurückgekehrt. Aus eigener Kraft hat er einen künstlichen Schutzpanzer um die Erde erbaut, der die Menschheit vor den tödlichen Strahlen der Sonne schützt. Im Jahr 2041 macht Louise Marcus (Virginia Madsen) eine folgenschwere Entdeckung: Die Ozonschicht hat sich inwzischen regeneriert. Diese Erkenntnis wird geheim gehalten, um die Bevölkerung weiterhin unter Druck setzen zu können. Mit Hilfe seines alten Freundes Ramirez (Sean Connery) will MacLeod diese dunklen Machenschaften aufdecken. Doch da taucht plötzlich Katana(Michael Ironside), der Erzfeind des Highlanders, auf und fordert ihn zum letzten, entscheidenden Kampf.