In Manhattan herrscht Krieg. Gegen den furchterregendsten Feind, mit dem sich die Menschheit je konfrontiert sah: Godzilla, die Megaechse mit Killerinstinkt, geboren durch die unseligen Kräfte französischer Atom-bombenversuche. Das Militär fährt schwerste Geschütze auf - Raketen, Atom-U-Boote, High-Tech-Kampfhubschrauber. Nichts scheint das Monster aufhalten zu können. Wie eine Spielzeuglandschaft zerbirst Manhattan unter der Wucht seiner Kraft. Da entdecken der Biologe Nick Tatopoulos (Matthew Boderick) und der geheimnisvolle französische Spezialagent Roaché (Jean Reno) den wahren Schrecken: eine weit fürchterlichere Gefahr, die sich hinter der Wut und den Zerstörungen Godzillas verbirgt: das Überleben der Menschheit steht auf dem Spiel! Und das Schicksal des Planeten entscheidet sich in New York...